1.左宗棠的势力最早被剪除
左宗棠率军与沙俄对抗可吓坏了在北京的慈禧，赶忙下旨任命左宗棠为东阁大学士、任军机大臣兼在总理衙门行走（管理外交部）、管理兵部事务。没有办法，左宗棠只好非常不情愿地磨蹭了三个月才于1880年12月22日（阴历十一月廿一）前往北京。
就在左宗棠前往北京的路上，针对左宗棠的阴谋开始了。西方列强的“老朋友”李鸿章上书大骂左宗棠是“奸佞之臣，空言误国”。李鸿章的配合真是恰到好处，沙俄的态度再次强硬起来。曾纪泽丧失了最佳时机之后，无奈与沙俄签署了新的条约。
1881年2月24日，左宗棠到了北京，而这时在他身边的部将只有王德榜、刘璈，只有两千多名官兵跟随。左宗棠到北京的同时，1881年2月24日（正月廿六），中俄签订了《伊犁条约》。
为了进一步剪出左宗棠的势力，刘璈被调任台（湾）南道后被调走了一部分军队。最终，左宗棠身边只剩下了王德榜统帅的数百名官兵。自此，左宗棠的“楚军”势力土崩瓦解。到最后，“楚军”将领的结局相较湘淮军都更悲惨一些。例如中法战争后，王德榜和刘璈被李鸿章、刘铭传等人诬陷被充军。
回京后的第二天、第四天，左宗棠两次参拜皇帝、两宫太后。其后，左宗棠被任命为军机大臣，并在总理衙门行走，兼管兵部事务，从而对晚清的内政、外交、军事有了一定的发言权。
左宗棠在北京可以说很倒霉，可以说饱受攻击，攻击他最激烈的就是李鸿章。妥协派的代表李鸿章攻击左宗棠，不顾国家全局只为自己的名声且为人奸诈。不但李鸿章如此，李鸿章的故旧朋友幕僚等看到左宗棠的威风高过李鸿章，心中愤恨不已。例如薛福成等人就经常给左宗棠造谣。说什么左宗棠一天到晚正事不干就知道天天说西征故事。
李鸿章之后便是守旧派们的攻击。起初，左宗棠初来京城时。因为收复新疆有功，许多人都对他忌惮三分。但时间长了，皇上太后该夸的夸了、该奖的奖了，权力制衡的老一套又出来了。朝堂内开始有一股逆流出现，这股逆流让左宗棠无法招架。因为，很明显是左宗棠在破坏各种规矩。
2.左宗棠当不了京官
政治是很讲规矩的，不像军事那样领导艺术更多些。左宗棠作为从草根中跃升的高官，作为长期在外打仗的统帅，对于自我主动适应政治规矩的意愿并不强烈，这也是许多军事将领在和平时期遭到清算的重要原因。
在这一点上，他比李鸿章差得很远。比如政治讲究如何坐、如何走、如何讲话何时讲话说什么话等等。这一切左宗棠全然不顾。因此，这股嘲笑左宗棠不懂礼、没有礼貌的声音压得他几乎喘不上气来。
左宗棠军人性格及久在边陲一言九鼎惯了，总想立即就干、有理就说。这种做派，令官场“老油条们”极度不满。
久而久之，皇上和太后也不再看重他，对他的话也开始“一视同仁”。本来调左宗棠回来就不是为了干事儿来的而是怕他“惹祸”。时间长了左宗棠也无所事事起来。可以说，左宗棠在北京的这段日子，除了修建永定河堤防这件工作以外，并没有干出什么大事来，还真应了他在家书中所说的终老京师了。
更不幸的是：政治敏感较低的他，在北京期间丢掉了慈禧对他的充分信任。左氏的政治敏感性不高，在某种程度上应被视作受打击的关键原因。在政治上唯一能与慈禧抗衡的慈安皇太后突然暴亡。
左宗棠正月二十六到京，三月初十慈安暴亡，三月十九开始朝堂中对左宗棠的各类挖苦之声骤然上升为人身攻击。其关键，还是在慈安暴亡之后，左宗棠却不识时务地说了一句“今早见到安圣还好好的，怎么突然就晏驾？我就不相信”。
慈安暴亡，并非左宗棠一人狐疑，可朝廷大臣中唯有左氏说了出来。军机大臣宝鋆在与众人参加慈安的晚祭中攻击左宗棠是“一团茅草”，翁同龢听后非常伤心，回到家中感叹道“正人在位之难也。”
其实，宝鋆和左宗棠是有矛盾的，早在1868年左宗棠还在剿杀捻军的时候。宝鋆的弟弟宝森就打着他的名号让左宗棠给他个官当当，结果受到左宗棠的训斥。
宝鋆
此人帮助左宗棠收复百万国土 不料得罪李鸿章千万家产败得精光
左宗棠收复新疆的大功臣胡雪岩 却惨遭李鸿章打压晚景凄惨
此太平军战神率残部进逼四川 为何曾国藩左宗棠都不敢围剿
彭玉麟杀了清末第一重臣李鸿章的侄子 李鸿章为何还要其人写信道歉
李鸿章为何在签订《辛丑条约》前嚎啕大哭 死后轮到慈禧大声痛哭