新版《射雕英雄传》迎来了大结局。随着郭靖和黄蓉误会的解除,黄蓉引诱傻姑说出当日桃花岛的真相,原来是杨康设计并利用欧阳锋杀害了江南五怪,欧阳锋当时并不知道杨康就是杀害自己儿子欧阳克,还误会是郭靖,收杨康为徒。得知真相的欧阳锋在眼看杨康中毒之后,置之不理,最终杨康惨死铁枪庙外。
黄蓉了为了救柯镇恶,挺身而出,不仅将杀害江南五怪的真相找出,还救了柯镇恶一命,自己却被欧阳锋带走下落不明。得知真相的郭靖和丐帮弟子到处寻找黄蓉的下落,但是几个月来一点消息也没有;于是郭靖决定先回蒙古看望母亲,并且告诉华筝若是找不到黄蓉便终身不娶,若是找到黄蓉就会履行自己的诺言和华筝结婚。
后来成吉思汗封郭靖为将军率领三万将士攻打撒麻尔罕城,在黄蓉的帮助下,一举攻下城池,并且活捉了完颜洪烈,性格刚烈的完颜洪烈抹刀自杀,郭靖也算是为父报仇了。另外,郭靖本想趁此机会向成吉思汗提出辞婚,却没想到看到蒙古军在杀害城里的无辜百姓,为了那些百姓,郭靖冒死请求留下了他们的性命。嘴笨的郭靖却不知如何解释,黄蓉伤心离去。
郭靖一路追出去,却没想到在沙漠听到欧阳锋的呼救声,原来欧阳锋陷在了流沙里,为了得知黄蓉的下落,郭靖救起了欧阳锋,却没想到欧阳锋告诉他黄蓉已经死了。伤心欲绝的郭靖跳进流沙,欧阳锋为了九阴真经的翻译救起了他,将他带走;后来郭靖在欧阳锋的水里下毒逃回蒙古,但也因此一蹶不振,整日就只知道喝酒买醉,忘记痛苦。
成吉思汗打算去攻打大金的残兵败将,却给了郭靖他们三人一人一个锦囊,但是要他们在攻打下大金之后才能打开。郭靖跟母亲说了之后,郭母坚持要打开锦囊才发现原来成吉思汗是要攻打大宋,身为宋人,决不能做卖国求荣之事,郭靖和郭母决定离开大漠,却没想到被华筝听到他们的对话去向成吉思汗告状,郭母为了不成为郭靖的负担自杀身亡。
哲别和拖雷放走了郭靖,郭靖回到中原遇见了洪七公,和洪七公一起去往华山,在中途偶遇欧阳锋,跟随欧阳锋的同时惊喜的发现黄蓉并没有死。原来黄蓉是为了骗欧阳锋进流沙才丢下了自己的貂裘,欧阳锋则在倒着练九阴真经,已然疯了,连自己是谁都不知道。华山论剑黄药师也到场,郭靖分别和黄药师、洪七公对战,只要郭靖过了他们的三百招就算他赢。
黄蓉沉浸在郭靖成为天下第一的时候欧阳锋突然出现,郭靖、黄药师、洪七公三个人合起来都打不过他,武学奇才的欧阳锋倒着练九阴真经也练成了。幸好黄蓉的聪明机智才得以逃脱。后来,郭靖收到华筝传来的消息成吉思汗要攻打襄阳,于是和黄蓉去往襄阳通知,在半路的客栈却遇到了跳崖未死的穆念慈,穆念慈已经生下了她与杨康的儿子,郭靖为他取名杨过。
成吉思汗最终死去,临死前还念叨着天下,天下,看来真是应验了完颜洪烈临死前的那句话:所有人都在天下的掌控之中,无论是哪国的帝王,最终都会被它吞噬,谁也斗不过它,它才是真正的霸主;得到了天下又如何,最终还不是天下的俘虏!