仲勋受迫害长达16年之久。1966年冬天，正在与工人们谈话的仲勋被冲进工厂的红卫兵围了起来。工人们见状，想保护仲勋也把仲勋围了起来。为了防止武斗，仲勋对工人们讲：“你们打伤了红卫兵是他的责任，红卫兵打伤了你们也是他的责任”。然后又对红卫兵们说：“要走就快走。”于是，仲勋被带到西安，批斗后被关入西北大学。
当他看到了一些打砸抢的行为后劝阻说：“难道革命就是为了抢几部汽车吗?”并希望他们自觉地维护正常秩序，不要妨碍生产，并上书毛主席，对“文革”中出现的一些问题提出了多项建议。因此仲勋深得一些群众的信赖、保护和关照。仲勋被押到富平老家批斗时，那里的乡亲们却说，我们不是来批斗习仲勋的，多时不见，我们是想来看看他，要不是他在困难时期拨粮食给我们，我们早就饿死了。
那次，乡亲们还自发地给仲勋做了一顿家乡饭。1975年春，仲勋被解除监护，组织上派齐心跟他一同去洛阳，是河南省公安厅的两位同志把他们接去的。他被安置在耐火厂的宿舍区，在两间房子里，度过了三年的流放生活。没有想到的是，这段时间是仲勋感到最为舒畅的日子。虽然深受冤屈，仲勋却深深地感受到了来自人民的温暖。
在得知小平同志主持中央工作之后，仲勋恢复工作的心情十分急切。党的“十一大”召开之后，仲勋便给党中央写了一封信，提出想在有生之年继续为党工作的请求。王震第一个出面为仲勋恢复名誉说了话。随后他也找到了胡耀邦同志和叶帅。第一次见到耀邦同志时，他从资历、经验、工作能力、水平、威信等几方面称赞了仲勋同志，而叶帅则是坚决支持仲勋出来工作。
仲勋于1978年2月22日作为全国政协特邀委员出席了五届全国政协会议，4月初便被恢复了工作。在小平同志和仲勋谈话之后，中央决定派仲勋同志去广东工作，“把守南大门”(耀邦同志原话)。仲勋去广东工作，是肩负着党政军各方面领导及同志们的深切期望的。所以，在广东工作期间，他夜以继日，每天都要到凌晨2点左右才肯休息。
1980年11月底，习仲勋调回北京后出任五届全国人大副委员长、政治局委员、中央书记处书记，特别是在协助耀邦同志工作期间，白天，勤政殿的工作结束后，回家要继续接待来自各地的要求落实政策的同志。
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