虽然药物治疗是有一定的疗效，但这一把只能起到辅助作用，对于治愈效果比较困难，但最好要在一开始发现时，应用药物效果会比较好。
孤独症儿童中约有的60%～70%智力水平低下、自理生活能力差，可以选用一些促进大脑功能，神经营养剂或称益智药物的药物，以促进中枢神神经系统功能的发展，增加认知功能，提高智力水平。常用药物包括脑复康吡拉西坦、 r氦酪酸、脑复新、哈伯英、凯尔、脑活素、活血素、脑复素等，也有应用神经生长因子注射。
中药益智药的种类也比较多，常用的包括益智丹、益智宝、智康口服液、智力糖浆等。或钠屈酮是一种吗啡阻滞剂，每日剂量每公斤休重 O.5 mg—2mg，减轻过分活功，冲动、刻板行力、自伤行为、增加眼对视及社交行为。
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