虽然《惊奇队长》如同其他超级英雄电影一样以原作漫画为基础改编，但是电影本身绝非完全照抄漫画内容，而是从原作的《克里大战斯克鲁尔》(Kree-Skrull War)脱胎，演绎出新生的卡罗尔·丹弗斯/惊奇队长的故事。
关于电影与原作漫画中的差异，CBR条列出以下五点：
星际部队
在电影一开始的时候，卡罗尔·丹弗斯为克里星军团”星际部队“的成员之一。该部队由杨罗格担任指挥官，卡萝与密涅瓦、”追寻者“克劳斯、阿特拉斯和布朗恩查一同对藏身宇宙的史克鲁尔人执行克里帝国领导者”至高智慧“所下达的任务。
星际部队源自于1992年的《复仇者联盟》连载第346回(由鲍伯‧哈拉斯Bob Harras和史帝夫‧埃汀Steve Epting共同创作)作为《复仇者联盟》的大事件：银河风暴(Galactic Storm)，在漫画中该团队的组成包括队长阿特拉斯、军医密涅瓦、高阶参谋罗南、至高智慧、奥提摩斯Ultimus、克劳斯和沙特拉克斯Shatterax。
虽然MCU中的阿特拉斯，密涅瓦和克劳斯确实为原作团队成员，但”至高智慧“并未在电影中多作着墨，而密涅瓦也非原作中的军医，而是在电影中担任狙击手。
同样，罗南在电影中领导一个完全独立的单位”控诉者“，而奥提摩斯和沙特拉克斯尚未在MCU中出现。虽然星际部队确实为克里星而战，但是在漫画中”银河风暴“事件结束后，该团队就被敌对的外星种族希阿(Shi'ar)接管。
至高智慧
在与杨罗格的争论之后，卡萝被送到“至高智慧”处。“至高智慧”是一个受到克里星人尊敬的人工智能。从卡萝的角度看起来像是一位人生导师，但当我们看完整部电影之后，“至高智慧”背后的真相随之被揭穿(想知道内容是什么请洽电影，这边不负责剧透)。
“至高智慧”由漫威大家长史坦‧李和杰克寇比于1967年共同创作，并首次出现在《惊奇四超人》漫画第65回，“至高智慧”是克里星的统治者和上帝。
是将克里历史中三个最聪明的思维融合而成的一台超级电脑，“至高智慧”帮助克里星开发了属于他们的宇宙魔方(原作漫画的宇宙魔方不是无限宝石，顶多是类似龙珠一样的存在)，在漫画中的“至高智慧”看起来像一个漂浮在空中的绿色头部，形象近似于《金刚战士》的宙威，而不像在MCU中以迈威尔形象产生的虚拟投影。
迈威尔
《惊奇队长》与原作漫画中最大的差异在迈威尔。电影中确实保留了漫画中他的克里星在地球的卧底身分与身为卡萝的导师。然而电影中的迈威尔与其说是战士不如说更像一名科学家(因为涉及重大剧情，她的事跡容在此按下不表)。
电影中她的姓名为温蒂·罗森，而不是漫画中的菲利‧劳森(Philip Lawson)，两人的性别也不同，这个角色在被克里星人拦截后被杨罗格射杀。
迈威尔首次出现于史坦‧李和吉尼‧寇兰(Gene Colan)于1967年创作的《漫威超级英雄(Marvel Super-Heroes)》连载第12回，由杨罗格指派负责监督人类一直。在出于对人类的同情下，他化身为超级英雄“惊奇队长”并且与浩克的好友瑞克‧琼斯/原子弹(Rick Jones/A-Bomb)保持着一段时间的联系。
但在一次与硝化人（Nitro）的战斗中，他不幸接触到有毒化学物质并使他患上了癌症末期，最终他死于由吉姆‧史塔林(Jim Starlin)创作的漫威小说《惊奇队长之死The Death of Captain Marvel》。
杨罗格
身为《惊奇队长》电影的主要反派，裘德洛饰演的杨罗格是克里星高阶军官和星际部队的指挥官，他亲自带领团队惨与战争。且杀死迈威尔作为任务中的一环。杨罗格还绑架卡萝并训练她，原因是他企图得到卡萝的神秘力量。并在电影终盘与卡萝决战。
杨罗格同样首次出现于史坦‧李和吉尼‧寇兰于1967年创作的《漫威超级英雄(Marvel Super-Heroes)》连载第12回，杨罗格是迈威尔的顶头上司，他在与迈威尔与尤那(Una)形成三角恋情后动用权力将迈威尔送到地球。
在杨罗格得知迈威尔与人类之间日益增长的友谊之后曾试图多次杀死迈威尔，只是最后都以失败作结，包括让罗南杀死迈威尔。
斯克鲁尔人
影片中另一个重大转折涉及会变形的外星种族斯克鲁尔人。与原作于1962年首次在漫画《惊奇四超人》连载第2回中登场的同名种族一样，在漫画的设定中他们是一个借由变形能力进而渗透当地人口进行破坏的邪恶种族。
但在电影中他们这种可怕形象其实是虚构的。他们真正的目的寻求栖身之处而非征服地球，因此最后卡萝与斯克鲁尔人握手言和，之后所发生的事情大概就是她在《惊奇队长》和《复仇者联盟3：无限战争》间长达23年的故事。
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